17 июня 1940 года в Литве было сформировано коммунистическое правительство во главе с Ю. Палецкисом. Через три дня аналогичное правительство во главе с A.M. Кирхенштейном появилось в Латвии, а 21 июня - в Эстонии. После присоединения прибалтийских республик руководство СССР сохранило их прежние армии, интегрировав их в систему советских вооруженных сил в качестве территориальных национальных корпусов - Литовского (29-й стрелковый), Латвийского (24-й стрелковый) и Эстонского (22-й стрелковый).

О ситуации в частях литовской армии после ее присоединения к РККА известно из донесения полпреда Н. Позднякова председателю Совнаркома СССР В. Молотову: "25 октября с.г. [1940 - Ч.С.] в течение нескольких часов на Бюро ЦК КП(б) Литвы обсуждалось положение в литовском корпусе. Присутствовали руководящие работники корпуса, Военного совета 11-й армии и Военного совета ПрибВО.

В результате обсуждения мы пришли к выводу, что политическое состояние корпуса продолжает оставаться неблагополучным, т.к. политические настроения его бойцов продолжают оставаться независимыми от нашего руководства, самостийными. Главнейшие причины тому три. Первая -корпус засорен ущемленным элементом (задетым отрезкой земли и проведенной национализацией). Вторая - созданный в корпусе политический аппарат из кадровых советских политработников еще не нашел каналов влияния на состав бойцов, этому сильно мешает отсутствие у него контактирующей прослойки из литовцев (просто не могут сговориться). Третья - в корпусе не проведено классовое расслоение, т.к. враждебный элемент еще не вышиблен из седла, ведет противосоветскую работу путем сплачивания бойцов на национальной почве (против русификации). ...Особый вопрос приведения бойцов литовского корпуса к красноармейской присяге. После известного отпора командование РККА решило отложить приведение к присяге до 23 февраля 1941 года. Я лично не уверен в том, что в феврале не будем иметь эксцессов. Дело в том, что в литовском крестьянстве католическая религия засела довольно крепко. Раньше литовские солдаты присягали богу, а теперь им предлагают присягу без упоминания о боге... ...На настроениях и поведении офицерства не останавливаюсь, т.к. они ясны и без специальных пояснений. Нужно лишь отметить, что оно ведет себя исключительно лояльно (что и подозрительно) и что, несмотря на это, оно не может быть непричастным к враждебной агитации в корпусе. Но с поличным еще никто не пойман".

В литовском корпусе отказались присягать новой власти 311 человек. В 616-м артиллерийском полку красноармеец Зинкявичюс заявил: "При Сметоне нас кормили хорошо, а с приходом Советской власти нас кормят как собак, а еще говорят о присяге. Я присяги принимать не буду".

"Боеспособность" прибалтийских корпусов проявилась в первые дни германского вторжения, когда все это воинство разбежалось с оружием по лесам и стало стрелять в спину отступающим частям Красной армии. Рассматривая репрессивную работу советского аппарата в Литве, нельзя не отметить, что основания для беспокойства у НКГБ были. Далеко не все литовцы испытывали радость от вступления в СССР. Были и недовольные - в первую очередь те, кого большевики в свое время окрестили емким словом "бывшие": чиновники, офицеры, крупные собственники, в одночасье превратившиеся из элиты общества в рядовых граждан и не желавшие с этим смириться. Связывая надежды на реванш с приходом гитлеровской армии, они при помощи германской разведки развернули активную работу по созданию повстанческих групп и организаций.

Активность национального подполья возрастала с каждым днем. Немалую роль в этом играла немецкая "пятая колонна". До присоединения к СССР в Литве имелось около 300 немецких предприятий, 800 торговых точек и множество культурных учреждений. Наличие такого количества опорных пунктов позволило немецким спецслужбам внедрить немалое число своих агентов. По данным за 1934 год контрразведка Литовского генерального штаба выявила более 400 немецких агентов, большинство из которых ко времени вступления частей РККА продолжали проживать в Литве.

Литовская национальная эмиграция также приняла активное участие в борьбе с "Советами", направляя действия "пятой колонны" из-за рубежа. Уже во второй половине 1940 года был создан эмигрантский "Фронт Литовских активистов" (ФЛА) во главе с бывшим литовским послом в Берлине полковником Казисом Шкирпой, сотрудничавшим с германской разведкой. В организацию вошли различные представители литовской эмиграции, рассчитывавшие с помощью фашистской Германии восстановить самостоятельное литовское государство. Основной центр этой организации находился в Берлине, откуда планировалась и проводилась разведывательно-подрывная работа против СССР через вспомогательные подпольные центры в Вильнюсе и в Каунасе. Для непосредственного осуществления боевых операций и совершения диверсионно-террористических акций против советских войск после начала войны между Германией и СССР ФЛА были созданы военизированные подразделения "Гвардии Обороны Литвы", которые конспиративно размещались в различных городах и селах Литвы и по заданию немецкой разведки занимались вербовкой и непосредственной подготовкой диверсантов и террористов.

Советской контрразведкой была вскрыта сеть агентов и боевиков "Гвардии обороны Литвы" с помощью внедренного в нее агента "Упялиса". В своих показаниях руководству агент рассказал следующее: "Литовская гвардия обороны является объединением литовцев - беспартийной, культурной, политической, военной, тайной и дисциплинированной организацией...". Цели Гвардии обороны: организация литовцев в ряды обороны, жертвовать собой в интересах Литвы, вести успешную и решительную борьбу против ассимиляции, покорения и уничтожения литовской нации, за литовскую культуру, за католичество и частную собственность. Обязанности члена гвардии обороны: "...быть смелым, дисциплинированным и настойчивым литовцем, готовым на любую жертву в пользу Литвы, не щадя своей жизни: разоблачать врагов Литвы, и особенно евреев, следить за ними и бороться с ними всеми мерами...".

Советская контрразведка получила в лице литовского вооруженного подполья серьезного противника. На службу в Гестапо перешло значительное количество чиновников и руководителей бывшей политической полиции Литвы, лишившихся своих постов после прихода частей РККА. Аналогичное положение было и во 2-м отделе Генштаба литовской армии. Литовские эмигранты вместе с Абвером приняли активное участие в переброске агентуры в Литву. Агенты направлялись через сухопутную границу с целью укрепления подполья. Одновременно Шкирпа и генерал Плехавичюс объявили о создании на территории Восточной Пруссии "Литовского легиона". Новорожденная организация обратилась к большинству стран мира с просьбой не признавать оккупации Литвы Советским Союзом, одновременно просило оказать вооруженную помощь в борьбе за литовскую независимость.

В декабре 1940 года из Германии в г. Кретинга нелегально прибыл бывший капитан литовской армии Михелькявичюс, который на подпольном собрании, состоявшемся 21 декабря 1940 года в м. Якубово Кретингского уезда, сделал доклад следующего содержания: "Поддержка литовским повстанцам полностью обеспечена со стороны Германии, где уже создано литовское национальное правительство во главе со Шкирпой. Наше объединение "Литовский союз активистов" на территории Восточной Пруссии имеет крупную военную организацию - легион во главе с генералом Плехавичюсом. Нападение на СССР Германия произведет весной 1941 г. Мы, литовцы, должны поднять восстание в тылу Красной Армии и развернуть большую диверсионно-подрывную работу по взрыву мостов, разрушению железнодорожных магистралей, нарушению коммуникаций".

Еще два закордонных нелегала были арестованы при переходе границы на участке 107 пограничного отряда 3 июня 1941 года. На допросе нарушители сообщили, что сигналом к восстанию будет служить переход немецкими войсками границы с Литовской ССР. Члены "Гвардии обороны Литвы" в период военных действий между СССР и Германией должны будут выполнять следующие задания: "...Арестовывать всех комиссаров и других активных коммунистов, разоружать и арестовывать красную милицию и агентов ГПУ, в случае сопротивления ликвидировать, занять центры компартии, но не уничтожать архив, заставить евреев оставить страну, освободить политзаключенных, охраняя их от вывоза вглубь России, не допускать новых арестов, занять учреждения, предприятия, станции, почты, телеграфы и крупные склады товаров центра и провинции, охранять от отступающих большевиков имущество, обрывать телефонные, телеграфные и электрические провода, не трогая столбов, в тылу советских войск уничтожать железные дороги и шоссе, не уничтожая важных мостов, при отступлении советских войск эти же объекты по мере возможности охранять, при наличии крупных сил, например, литовского корпуса, разоружать крупные части советских войск и создавать панику...".

Органами Госбезопасности Литовской ССР была перехвачена листовка Литовского информационного бюро в Берлине от 19 марта 1941 года, в которой население Литвы призывалось к подготовке вооруженного восстания против существовавшего в тот период государственно-правового режима. В документе говорилось: "Час освобождения Литвы уже близок. Когда начнется поход с Запада, Вы в этот же момент будете информированы... В это время в городах, местечках и деревнях порабощенной Литвы должны возникнуть местные восстания, точнее говоря, взятие власти в свои руки. Сразу надо арестовать местных коммунистов и других предателей Литвы, чтобы они не избежали расплаты за свои действия, (предатели будут только тогда помилованы, когда они сумеют доказать, что они ликвидировали хотя бы по одному еврею)... Там, где вы еще не подготовлены, организуйтесь маленькими тайными группами. Когда начнутся военные действия, в тыл будут выброшены парашютисты. Немедленно установите с ними связь и помогайте им... Через деревни и города будет маршировать немецкая армия. В ее рядах будет много знакомых Вам соплеменников. Встречайте всех одинаково мило и сердечно, оказывайте им нужную помощь. Уже сейчас "информируйте" евреев, что их судьба ясна, поэтому пусть сегодня же убираются из Литвы. В решительный момент берите их имущество в свои руки, чтобы ничего не пропало".

Примерно в это же время в Каунасе был запеленгован выход в эфир нелегальной радиостанции с позывным "Йфа". Передача велась на г. Штеттин, где в то время располагался "Абверштелле Штеттин". Этот разведорган был организован для обучения разведчиков-диверсантов и радистов и их последующей заброски на территории Прибалтики и Белоруссии. В процессе обучения (до 6 месяцев) агенты изучали разведывательное дело, структуру, строение, вооружение и снаряжение Красной Армии, географию СССР, топографию, радиодело, шифры, тайнопись, фото- и подрывное дело, о6учались методам ведения бактериологической войны. Забрасываемой агентуре ставились задачи по созданию в советском тылу сети нелегальных радиостанций для связи в военное время, установке ориентиров для немецких бомбардировщиков, подготовка кадров сигнальщиков и опорных баз для приема десантов. Для связи с "Альма матер" агенты снабжались портативными радиостанциями. Первая заброска была произведена в феврале 1941 года

В мае 1941 года радист и три агента были арестованы. Один из них, бывший лейтенант литовской армии Друктейнис Эдмунтас, показал: "Резидентура германской разведки, возглавляемая мною, должна была сообщать в Германию дислокацию частей Красной Армии, расположенных на территории Литовской республики, их количество, нумерацию, фамилии командного состава, данные о вооружении и оснащении боевой техникой и из каких военных округов прибыли и будут прибывать воинские части в Литовскую ССР...". Согласно заданию Клауса резидентура должна была собирать сведения о типах самолетов, их боевых качествах, об охране аэродромов и их расположении, в каком состоянии находится зенитная артиллерия и где. В мои обязанности также входило передавать информацию о состоянии железнодорожного транспорта, особенно в случае внезапного изменения движения поездов". Впоследствии арестованных включили в радиоигру, продолжавшуюся до нападения Германии на СССР. Органами госбезопасности велись дела по разработке пронемецкой агентуры под кодовыми названиями "Диверсанты" и "Гвардия". В рамках проводимых мероприятий была вскрыта подпольная национальная организация, связанная с ФЛА Были произведены аресты 7 членов, намечалось задержать еще 24 человека, однако время работало на противника.

О масштабах всего пронемецкого национального подполья в Прибалтике говорилось в документе соединения "Бранденбург-800": "Исходя из соображений секретности день начала операций этим группам (группам диверсантов - Ч. С.) не доведен, Они получают общие указания, по прибытии на место приступить к выполнению поставленных задач, исходя из обстоятельств и по своему усмотрению. Для этих групп активистов назначены пароли: для литовцев - "Дюнкирхен", для латышей - "Деберитц", для эстонцев - "Мюнхен". Однако имеются сомнения, что эти пароли везде и до всех доведены. Кроме этих паролей особо обученные специалисты по саботажу получили-специальный опознавательный знак в виде ржаво-красного куска ткани размером с носовой платок с желтым круглым пятном в центре, который они должны предъявить представителям войск... По данным руководителей, в настоящее время в каждой литовском населенном пункте существует такая группа. В Латвии и Эстонии такое же положение. В Литве и Латвии существуют две параллельные группы активистов под началом одного руководителя, с тем, чтобы в случае предательства в одной группе другая продолжала бы действовать. Эти группы организованы по системе треугольника, по которой каждый знает не более двух членов группы".

16 мая 1941 года наркомом госбезопасности СССР Меркуловым была подготовлена докладная записка НКГБ СССР №I687/M в ЦК ВКП(б), к которой прилагалась копия проекта постановления о мероприятиях по очистке Литовской ССР от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента. Данный документ был согласован с секретарем ЦК ВКП(б) Литвы Снечкусом и представлен Сталину за подписью Л.П. Берии. На основании данного проекта было издано соответствующее постановление. Согласно ему, подлежали аресту с конфискацией имущества и направлением в лагеря на срок от 5 до 8 лет с последующей ссылкой на 20 лет следующие категории лиц:

1.активные члены контрреволюционных партий и участники антисоветских националистических белогвардейских организаций,

2.бывшие охранники, жандармы, руководящий состав бывших полицейских и тюремщиков, а также рядовые полицейские и тюремщики, на которых имелись компрометирующие материалы,

3.бывшие крупные помещики, фабриканты и крупные чиновники бывшего госаппарата Литвы, Латвии и Эстонии,

4.бывшие офицеры польской, литовской, латвийской, эстонской и белой армий, на которых имелись компрометирующие материалы,

5.уголовный элемент.

Кроме вышеперечисленных категорий лиц подлежали направлению в ссылку в отдаленные районы СССР, сроком на 20 лет с конфискацией имущества члены их семей и иждивенцы, также лица, прибывшие из Германии в порядке репатриации. В Прибалтику был направлен нарком Меркулов и его заместители Серов и Абакумов. Помимо них для участия в операции были направлены 208 курсантов Высшей школы НКГБ СССР - литовцы, латвийцы и эстонцы по национальности. На все мероприятия отводилось три дня.

О результатах проведенной операции руководство НКГБ СССР рапортовало следующими цифрами: "...Бывших офицеров литовской, латвийской и эстонской армий, служивших в территориальных корпусах Красной армии, на которых имелся компрометирующий материал, арестовано - 933 человека, в том числе: по Литве - 285 человек, по Латвии - 424 человека, по Эстонии - 224 человека". Однако эти меры во многом уже запоздали.

С первых минут немецкого вторжения в СССР литовское подполье вступило в действие. Вооруженные легким оружием отряды националистов нападали на отдельные группы военнослужащих РККА и милицию, подавали сигналы немецким самолетам. Радиофицированная агентура передавала оперативную информацию. Среди коммунистической верхушки Литвы царила паника. По свидетельству очевидца тех событий: "Вместо того чтобы отступать организованно и в порядке вместе с действующей армией, эти руководители Литвы поспешили удрать на машинах первыми, а за ними потянулись милицейские органы, тем самым были развязаны руки контрреволюционным бандам в Литве и пятой колонне в целом, во главе со сброшенными парашютными десантами. К тому же Каунас и вся Литва вообще в течение нескольких дней находились без гражданских властей. 23 и 24 июня контрреволюция организовала боевые дружины, привлекая гимназистов 5-го класса, они стали патрулировать и задерживать бежавшее население".